Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu powstały po II wojnie światowej (Dekret Krajowej Rady Narodowej z sierpnia 1945 r.), tworzyli uczeni, którzy zostali ukształtowani przez akademickie środowisko Uniwersytetu Stefana Batorego w Wilnie oraz Uniwersytetu Jana Kazimierza we Lwowie.

Odwoływanie się do tradycji wileńskich i lwowskich zaważyło w pewnej mierze na obecnym kształcie Wydziału Teologicznego UMK. Twórcy Uniwersytetu Mikołaja Kopernika zamierzali bowiem powołać taki wydział już od samego początku jego istnienia, ale czas i sytuacja polityczna nie sprzyjały tej inicjatywie. 

W aktach Uczelni znajduje się list ks. prof. Antoniego Pawłowskiego, profesora Uniwersytetu Stefana Batorego, późniejszego biskupa włocławskiego, skierowany do pierwszego rektora UMK prof. Ludwika Kolankowskiego, w sprawie starań o powołanie w Toruniu od początku istnienia Uniwersytetu także Wydziału Teologicznego. Starania te prowadził ks. prof. A. Pawłowski z ramienia i na prośbę organizującego nowy uniwersytet rektora Ludwika Kolankowskiego. 

Wydział Teologiczny UMK powołano w momencie, gdy sytuacja i nastroje polityczne zdecydowanie zmieniły się w kierunku akceptacji bardziej uniwersalnej wizji uczelni. Po roku 1989 stało się możliwe otwarcie wyższych uczelni państwowych na myśl i poszukiwania naukowe inspirowane dziedzictwem chrześcijańskim.

Przygotowaniem do powołania Wydziału było utworzenie z dniem 1 października 1996 r. w Instytucie Pedagogiki UMK specjalizacji w zakresie pedagogiki chrześcijańskiej, a po roku w tymże Instytucie Zakładu Edukacji Chrześcijańskiej. Kierownikiem specjalizacji i Zakładu został ks. prof. dr hab. Jerzy Bagrowicz, profesor katechetyki i pedagogiki w Wyższym Seminarium Duchownym we Włocławku, późniejszy współorganizator i pierwszy dziekan Wydziału Teologicznego UMK. Decyzja ta była ważnym elementem otwierania się społeczności Uczelni na obecność Kościoła w dyskusjach i poszukiwaniach naukowych inspirowanych duchem chrześcijańskim oraz w dużej mierze stanowiła inicjatywę przygotowawczą i poprzedzającą powstanie Wydziału Teologicznego.

Powołanie Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika staraniem Biskupa Toruńskiego Andrzeja Suskiego nastąpiło decyzją Senatu UMK z 19 grudnia 2000 roku („Uchwała nr 20 Senatu Uniwersytetu Mikołaja Kopernika z dnia 19 grudnia 2000 roku w sprawie utworzenia Wydziału Teologicznego oraz kierunku studiów ‘teologia’” podpisana przez Przewodniczącego Senatu UMK – prof. dra hab. Jana Kopcewicza). Wydział Teologiczny rozpoczął swoją działalność z dniem 1 stycznia 2001 roku, a działalność dydaktyczną i naukową zainaugurował w dniu 1 września 2001 roku. Umowa między Rządem Rzeczpospolitej Polskiej a Konferencją Episkopatu Polski w sprawie utworzenia i funkcjonowania Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu została podpisana 29 maja 2001 roku.

Wydział mógł powstać przede wszystkim w oparciu o istniejące już i działające środowisko teologiczne. Zbudowano go głównie na bazie dynamicznych środowisk dwu seminariów duchownych: toruńskiego i włocławskiego, do których dołączyło z czasem także seminarium pelplińskie.

Drugim dziekanem Wydziału został ks. prof. dr hab. Jan Perszon. Od roku akademickiego 2012/2013 urząd dziekana pełni ks. prof. dr hab. Dariusz Kotecki. W kwietniu 2016 roku został wybrany na kadencję 2016-2020.

W dniu 16 grudnia 2002 roku Centralna Komisja do Spraw Tytułów Naukowych i Stopni Naukowych przyznała Wydziałowi Teologicznego uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk teologicznych. Z dniem 26 września 2011 roku Wydział otrzymał uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora habilitowanego nauk teologicznych.

W uznawanym za najważniejszy ranking szkół wyższych w Polsce –rankingu miesięcznika "Perspektywy" oraz dziennika "Rzeczpospolita" kierunek "teologia" na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika został sklasyfikowany po raz kolejny na trzeciej pozycji wśród najlepszych kierunków w Polsce. Nasza teologia zyskała bardzo wysoką ocenę pracodawców. W ostatniej ocenie parametrycznej Wydział uzyskał wysoką kategorię A. Obecnie w skład Wydziału wchodzi sześć Katedr i jeden Zakład.

Od roku akademickiego 2009/2010 został uruchomiony drugi kierunek studiów: Nauki o Rodzinie. Od roku akademickiego 2015/2016 studia odbywają się również na kierunku: Organizacja opieki nad osobą starszą (kierunek prowadzony we współpracy z Wydziałem Humanistycznym i Wydziałem Nauk o Zdrowiu Collegium Medicum).

Od roku 2013/2014 Wydział prowadzi studia doktoranckie. Od początku istnienia Wydziału są prowadzone studia podyplomowe w zakresie teologii, a od roku 2014/2015 studia podyplomowe w zakresie bioetyki.